「居住の用に供する部分の面積が床面積の2分の1以上」でなければ住宅ローンを組むことはできませんが、2階・3階が居住用であれば問題ないと思われます (2階と3階を合わせた床面積より1階部分が大きくなるような建物でしたら不可ですが……) 。

気をつけていただきたいのが「住宅ローン」なので「居住用部分」についてしか融資をしないということです。貸店舗部分については自己資金をご用意いただくか「事業用ローン」で対応いただくかをご検討ください。