個人的な意見としては「4LDK」のほうがいいと思います。お子さまがふたりいるので大きくなったときには2部屋必要になることが考えられるためです。お子さまが男女であればなおさらです。
収納は多いほうがいいと考えられますが、収納は収納としてしか使うことができません。一方、部屋であれば家具をうまく利用したり仕切りを造ることにより収納不足を補う方法があります。

そのほかライフスタイルがポイントになります。一家団らんのように同じ部屋で過ごすことができたり、お子さまふたりが1部屋で過ごすことができれば「3LDK」でも十分です。
ただ、間取りによっては将来的に「3LDK → 4LDK」への間取り変更もできると思いますので、一概には申し上げにくいところです。